少年三国志中副本是个很重要的系统，因为这个游戏的主线任务就是副本。和大多卡牌游戏一样少年三国志重要的核心也是副本。那么玩家们要知道在游戏中，共分为三大副本：主线副本、日常副本(26级开启)、名将副本(28级开启)。不同的副本能为玩家带来不同玩法体验的同时，游戏资源收益也是大不相同。然而想要成为少年三国王，首先副本方面便是需要完全攻克下来。
还有就是主线副本中，将一场场之名战事划分为一个个章节，每个章节又分为10个小节，每3个小节会碰上武将(挑战胜利能开启宝箱)，第10小节会碰上名将(挑战胜利获得三国志残卷)，只有通关该章节才能开启下一章节。
小编在这里提心玩家们一点，主线副本有着星级评定，除前两个章节外，之后的每个章节都有着30星的评定方式。该每10星能开启一次该章节的宝箱奖励，此外达到额定星数之后还能激活成就，获得大量游戏资源。